آيت‌الله مهدوي کني با ورود به حوزه علميه و آشنايي با ديدگاه‌هاي حضرت امام خميني (ره) و مشاهده ظلم و ستمي که در حق اسلام، علما و مردم مي‌شد، روش سياسي حضرت امام خميني (ره) را به عنوان شيوه‌اي که مي‌تواند باعث احياي تشيع شود، برگزيد. اولين دستگيري ايشان در سن 18 سالگي (1328 شمسي) در اردستان بود که به شکنجه، تبعيد و زنداني‌ شدن ايشان و بعضي از طلاب و مبلّغان همراه منجر شد. با رسيدن اين خبر به قم، مرحوم آيت‌ الله‌ العظمي بروجردي به نخست‌وزير وقت (اقبال) اعتراض نموده و عنوان کردند که چرا فرزند مرا زده‌ايد و دستگير کرده‌ايد.

عضويت در مجمع سياسي حوزه علميه

آيت‌الله مهدوي کني، در داخل حوزه علميه فعاليت سياسي خود را شروع کرد. از جمله فعاليت‌هاي مهم ايشان عضويت در مجمعي سياسي بود که افرادي چون آيات و حجج اسلام سعادت‌پرور (پهلواني)، محمدي گيلاني، محفوظي، خادمي اصفهاني، شمس، سمندري، جنيدي، حاج شيخ عباس وراميني و... در آن حضور داشت. بخشي از فعاليت‌هاي اين مجمع صرف تحليل فضاي سياسي کشور مي‌شد. همچنين اعضاي اين مجمع سعي مي‌کردند با خريد کتب کمونيست‌ها و ماترياليستها، پس از مطالعه و مباحثه در برابر آنها پاسخ تهيه کنند و در جريانات سياسي وقت حضور داشته باشند.

شرکت در جلسات بحث اقتصاد و حکومت اسلامي

از ديگر برنامه‌هاي ايشان، فعاليت‌ در مجامع علمي و سياسي با حضور برخي دوستانشان مانند حضرات آيات شهيد مطهري، شهيد بهشتي، موسوي اردبيلي و... بوده است. در اين جلسات مباحثي مانند اقتصاد اسلامي و حکومت اسلامي مورد بحث و بررسي بوده است که در نهايت منجر به تاسيس هسته‌هايي مثل جامعه روحانيت مبارز تهران و تهيه اساسنامه مبارزاتي و ديني براي آن شد.

تبعيد به بوکان و مهاباد

فعاليت‌هاي آيت‌الله مهدوي‌کني در مسجد جليلي، جنبه‌هاي مختلف اجتماعي، فرهنگي و سياسي داشته است. اصرار ايشان بر طرح ديدگاه‌هاي حضرت امام (ره) و فعاليت‌هاي سياسي ايشان منجر شد که پس از چندين بار دستگيري و بازداشت کوتاه مدت، هجوم به منزل و ايجاد محدوديت براي سخنراني، منبر و تدريس، نهايتاً در رمضان سال 1353 شمسي ايشان بازداشت و به بوکان تبعيد شوند. در ادامه، پس از روشن‌ شدن نقش ايشان در پرونده ديگري که از پرونده عمومي طرفداري از حضرت امام (ره) سنگين‌تر بود، از بوکان به مهاباد و سپس به تهران اعزام مي‌شود و در کميته مشترک ضد خرابکاري و ساواک مورد بازجويي و شکنجه‌هاي جسمي و روحي قرار مي‌گيرد.

ادامه مبارزه تا پيروزي انقلاب

بخشي از اتهاماتي که ساواک به ايشان وارد نمود، ارتباط با مبارزان ضد رژيم شاه و کمک مالي به خانواده زندانيان بود. ايشان به چهار سال زندان محکوم شد که پس از دو سال و همراه با فضاي سياسي سال 55 به همراه برخي ديگر از زندانيان سياسي آزاد مي‌شود. مبارزات آيت‌الله مهدوي کني عليه حکومت طاغوت تا پيروزي انقلاب شکوهمند اسلامي زير نظر حضرت امام (ره) ادامه مي‌يابد. کتاب خاطرات آيت‌ الله مهدوي کني، بيانگر نکات بسيار ارزشمندي از آن دوران و ياران زنداني مانند حضرات آيات طالقاني، هاشمي رفسنجاني، انواري و دهها تن از مبارزان روحاني، دانشگاهي و افراد ساير اصناف است.

آيت‌الله مهدوي کني پس از پيروزي انقلاب شکوهمند اسلامي سمت‌هاي مختلفي را عهده‌دار بوده‌ است که از جمله آنها مي‌توان به موارد ذيل اشاره کرد:

عضويت در حلقه اوليه شوراي انقلاب از طرف حضرت امام خميني (ره) که در پاريس به ايشان سپرده شد.

(حلقه اوليه شوراي انقلاب شامل حضرات آيات شهيد مطهري،‌ شهيد بهشتي، شهيد باهنر رحمهم الله و حضرات آيات خامنه‌اي، هاشمي رفسنجاني، موسوي اردبيلي و مهدوي کني بود. به تدريج اعضاي ديگر روحاني و دانشگاهي با تصويب جمع به آنان اضافه شد.)

عضويت در کميته استقبال از حضرت امام خميني (ره)

سرپرستي کميته انقلاب اسلامي (به عنوان اولين نهاد انقلابي مسلح براي حفظ انقلاب به پيشنهاد شهيد مطهري (ره) و دستور حضرت امام خميني (ره))

عضويت به عنوان فقيه در شوراي نگهبان قانون اساسي(دو مرتبه)

نمايندگي حضرت امام خميني (ره) در هيات حل اختلاف مسؤولان نظام و چندين ماموريت مشابه در حوادث مهم دوران انقلاب

وزارت کشور در کابينه شهيد رجايي و شهيد باهنر

نخست‌وزيري پس از شهادت شهيدان رجايي و باهنر

عضويت در ستاد انقلاب فرهنگي به حکم حضرت امام خميني (ره)

عضويت در شوراي عالي انقلاب فرهنگي به حکم حضرت امام خميني (ره) و مقام معظم رهبري

مسؤوليت ستاد کمک‌رساني به مردم مناطق بمباران شده

عضويت در شوراي بازنگري قانون اساسي

رياست مرکز رسيدگي به امور مساجد

عضو مجمع تشخيص مصلحت نظام

مؤسس و دبير کل جامعه روحانيت مبارز

رياست دانشگاه امام صادق عليه‌السلام

توليت حوزه علميه مروي به همراه موقوفات وابسته به حکم حضرت امام خميني (ره)

عضو و رييس مجلس خبرگان رهبري